Originalmente chiamata Fossaceca venne popolata dagli Osci e poi dai Sanniti.
La zona fu scelta in quanto punto più alto e meglio difeso, grazie alla posizione naturale, durante l'ultima fase del periodo longobardo e, in età normanna fu feudo di Guglielmo di Fossa Ceca.
Più tardi come molti comuni di origine feudale fu donata alla chiesa ed appartenne al Monastero di San Vincenzo al Volturno; in seguito la vedova del conte Ranulfo II di Alife donò Fossaceca ed altre terre a Montecassino.
Nel 1269, dopo varie peripezie tutte queste terre passarono, al feudatario Guglielmo Stendardo e Fossaceca, insieme a Capriati al Volturno, Ciorlano e Pratella fece parte della Baronia di Prata di cui seguì la storia.
Dopo l'unità d'Italia nel 1862, il Consiglio Municipale di Fossaceca cambiò il nome di Fossaceca in Fontegreca ricavando la prima parte del nuovo nome, Fonte, da una fonte di acqua freschissima e la seconda parte, greca, da antichi manoscritti privati e pubblici che citavano il Comune con il nome di Fossa Graeca.
Nel 1927, eliminata la provincia di Caserta, Fontegreca passò alla provincia di Campobasso, ritornando alla provincia di Caserta quando questa fu ripristinata dopo la seconda guerra mondiale. Durante la seconda guerra mondiale Fontegreca come molti paesi dell'alto-casertano visse giorni drammatici per le requisizioni, per i rastrellamenti e per la fuga fin sulle montagne di Gallo Matese a cui fu costretta la popolazione.
I tedeschi installarono il loro comando in Palazzo Parrillo. Il 28 ottobre 1943 gli americani occuparono Valle Agricola e iniziarono un cannoneggiamento che colpì anche Fontegreca nella quale entrarono nel paese l'1° novembre 1943.

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